Про церковь Климента так много легенд, связанных с ее появлений, с историей, со священнослужителями, что современному человеку очень сложно сориентироваться в их многообразии. До сих пор неизвестен архитектор, спроектировавший это здание. Трудно предсказать и когда был построен храм, так как стиль дорогого борокко и принятая дата постройки, в век классицистической московской архитектуры, глубоко противоречат. Исследователь архитектуры русского барокко Т. П. Федотова нашла этому некоторое логичное объяснение. Она считает, что проект церкви Климента был сделан ещв 1750-х гг. петербургским архитектором П. Трезини или кем-нибудь из его помощников, а построена была церковь намного позже. И возводили храм по тому, немного скорректированному проекту было осуществлено значительно позже московскими архитекторами.

История строительства церкви также способствует только запутыванию совремнного исследователя. Одной из самых логичных версий является утверждение газеты «Московские ведомости» от декабря 1862 г., что церковь была сооружена на средства, выделенные канцлером А. П. Бестужевым-Рюминым, так как в храме у него были свои собственные палаты. Однако фактов, подтверждающих эту гипотезу, так и не нашлось. Есть версия-легенда от том, что церковь Клемента выстроил думный дьяк А. С. Дуров в благодарность Богоматери, молитвы, обращенные к которой спасли его от клеветы властей. А в 1720 г. купец И. Комленихин этот храм расширил и перестроил. Именно о нем шла речь в церковной исповедной ведомости в 1740 г. — «первой гильдии купец Иван Федоров сын Комлехин 52 лет».

Другим богатым прихожанином церкви, который мог перестроить храм, был фабрикант и купец 1-й гильдии К. М. Матвеев. Остальные прихожане были из простых чиновников, крестьян и ремесленников. Предполагается, что на деньги именно Матвеева были в 1756 — 1758 гг. выстроены колокольня и трапезная. В 1762 году этот купец выпросил так называемую «храмозданную грамоту», разрешающую строительство главного здания этой церкви. Сроки строительства в разных источниках разняться: по дной версии, возведене церкви было окончено к 1769 г., по другим — в 1774 г. В для храма Климента отливается большой колокол.

Благодаря своей запутанной истории, церковь Клеимента считается самым загадочным архитектурным памятником Пятницкого района. Именно в честь нее был назван Климентовский переулок, так это самый заметный и исторически важный объект в этом переулке. Церковь поставлена с небольшим отступом, что еще больше выделяет ее среди всех объектов Пятницкой улицы. Первое, на что обращаешь внимание, рассматривая этот величественный храм, это на его пропорциональное пятиглавие. Благодаря своему изящному облику, церковь манит к себе, чтобы каждый мог насладиться ее внутренним необычайно красивым убранством и расписными стенами.